หลังการรัฐประหารในปี 2549 นิสิต สินธุไพร เริ่มเคลื่อนไหวในฐานะประธานกลุ่มคนรักทักษิณไม่เอาเผด็จการ โดยเคลื่อนไหวชุมนุมประท้วง คมช. ตลอดระยะเวลาการรัฐประหาร จากนั้นเป็นแกนนำ แนวร่วมประชาธิปไตยต่อต้านเผด็จการ นปก. ซึ่งต่อมาเปลี่ยนชื่อเป็น แนวร่วมประชาธิปไตยต่อต้านเผด็จการแห่งชาติ หรือ นปช. นอกจากนี้ยังเป็นผู้อำนวยการโรงเรียน นปช. ซึ่งเน้นให้ความรู้ด้านประชาธิปไตยแก่ประชาชน ปัจจุบันเป็นผู้ดำเนินรายการทาง "เปิดปมสู่ปฏิรูป" ร่วมกับนายธนาวุฒิ วิชัยดิษฐ์ และนายพิพัฒนชัย ไพบูลย์ ทางพีซทีวี